Es muy poco lo que sabemos de los antiguos Chachapoyas. Sólo el Inca Garcilazo de la Vega (que nunca visitó la región), y Pedro Cieza de León, que probablemente estuvo en la ciudad de Chachapoyas, mencionan a este pueblo y lo describen como un “gran reino”. Según documentos del Virreynato español la provincia Inca de Chachapoyas tenía 30.000 pagadores de tributos (en comparación la provincia de Chincha tenía 10.000 en esa época).
Se sabe que no hablaban quechua y que su nombre (chachapoyas) es un vocablo inca. Seguramente desarrollaron un idioma propio que hoy no conocemos.
Hay pinturas rupestres que datan de miles de años, por lo que es probable que la región haya estado siempre poblada desde épocas remotas, y se haya relacionado con otras culturas de la red de ríos amazónicos. Según Kauffman Doig, debió alcanzar su florecimiento a partir del año 1000 después de cristo y se prolongó hasta la llegada de los españoles al Perú.
De todas las ruinas descubiertas, destaca Kuelap. Kuelap es una ciudadela ubicada en lo alto de una montaña que controla el río Utcubamba. Posee un estilo de arquitectura único, un estilo “amazónico” que parece no haber sido copiado de ninguna ciudad andina (lo más parecido es Chavín).
El Pajatén es aún más misterioso. No sólo su arquitectura es única, sino la iconografía usada en sus construcciones.
Pero lo que más llama la atención del mundo chachapoyano son sus sarcófagos. El mundo andino y costeño enterraba a sus muertos bajo tierra. Los chachapoyas lo hacían en lo más alto de las montañas y en sarcófagos de madera con forma humana (como los antiguos egipcios). Lo más parecido a los sarcófagos chachapoyanos son las inmensas esculturas de la Isla de Pascua. ¿Será Rapa Nui una isla conquistada por los antiguos chachapoyas hace siglos?

Cieza de León los describe como “blancos”. Anota en su crónica: “…Así, vemos hoy día que las indias que han quedado deste linaje (de los chachapoyas) son en extremo hermosas, porque son blancas”.
Los Chachapoyas fueron conquistados por los incas pocos años antes de la llegada de los españoles, imponiendo sus costumbres en sus ciudades anexadas al Imperio, pero hubo una facción que desobedeció el mandato del Inca y fundó sus propias ciudades en la Selva:
Cieza de León:
“Y tiénese por cierto que por esta parte (Chachapoyas) tierra adentro están poblados los descendientes del famoso capitán Ancoallo (vencido por los Incas), el cual se fue con los chancas que le quisieron seguir. Y la fama cuenta grandes cosas de una laguna donde dicen que están los pueblos destos.”
¿Será una reseña de la Laguna de los Cóndores y de la zona cercana a Kuelap? En junio de 1997 se produjo allí un hallazgo de momias y objetos chachapoyas, chimúes (¿los chancas exiliados de Cieza de León?) e incas, que fueron expuestos en la Municipalidad de Leymebamba.¿Habrán huido de los incas, los Chimú y los Chachapoyas juntos adentrándose hacia la Selva?

Apenas empezamos a resolver el rompecabezas del Reino Perdido de los Chachapoyas.